Onder leiding van de zorgcoördinatoren van het Bonnefanten College, mevrouw M. Zijlstra en mevrouw C. Vliegen, functioneert een zorgstructuur voor extra hulp aan leerlingen, zowel op het sociaal-emotionele vlak, als bij onderwijskundige hulp. Het ZorgAdviesTeam (ZAT) (dat bestaat uit de zorgcoördinatoren, de schoolmaatschappelijk werker, de jeugdarts, een orthopedagoog of psycholoog of andere externe begeleider en (op afroep) de leerplichtambtenaar overlegt regelmatig met de teamleiders over de zorgleerlingen. In dit overleg wordt de extra begeleiding van een leerling vastgesteld. Soms vindt verwijzing naar de permanente commissie leerlingenzorg of een andere externe instantie plaats.
